可以。

三方协议不等同于劳动合同，两者在适用法律上是不同的。
 
劳动合同适用《劳动法》及《劳动合同法》，根据规定，用人单位与劳动者订立劳动合同时，只有两种情况下可以约定劳动者支付违约金：一是在专项培训协议中约定服务期的，二是签订竞业限制约定的。除以上两种情况外，劳动合同不得约定劳动者支付违约金。
 
但是三方协议属于一般的民事合同，适用《民法典》相关规定，可以在协议中约定任意一方若违约则需支付违约金，以惩罚肆意违约方。不少单位为了留住学生，以高额违约金约束学生。因此，毕业生在签订三方协议时，应看清违约金条款，谨慎签约，力争对自己最有利的条款。


法条链接
《民法典》第五百七十七条 【违约责任】当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。

《劳动合同法》第二十二条 【服务期】用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。
劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
用人单位与劳动者约定服务期的，不影响按照正常的工资调整机制提高劳动者在服务期期间的劳动报酬。

第二十三条 【保密义务和竞业限制】用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。

第二十五条 【违约金】除本法第二十二条和第二十三条规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。