财务不规范也是初创企业的通病，往往认为我垫付了房租，我买了办公设备，我发了员工工资，就是已经出资了，甚至有些公司股东实际为公司支付了数百万资金，但是没有办理出资手续，也没有计入公司的资本金科目，在工商局登记信息中往往只有认缴额，没有实缴额，给第三方的印象“这就是一个皮包公司”，信用评价极低。
此时已出资股东的资金性质就难以确定，如果该笔资金没有计入资本金科目，应当按照资金使用用途计入费用或固定资产科目，而资金来源于股东垫付，又形成股东对公司的借款。出现纠纷，相关股东往往从个人利益角度否认是出资，而将资金性质定义为借款。
所以正确的操作，应当是及时将股东出资（主要是货币出资）通过公司账户及时入账，公司出具出资证明，并在公司第一次年检备案中体现出来。如果是公司设立筹备阶段（尚无公司账户）的出资，如装修费，应当在公司设立后予以报销，该股东以报销的资金再汇入公司账户，形成出资款。