亲子司法鉴定在司法局处理。根据相关法律规定，司法鉴定机构必须受理办案机关的司法鉴定委托。既然当事人申请的亲子鉴定已经涉及到了司法，那么在办案过程中所需的亲子鉴定处理必须统一到司法鉴定机构办理。需要提交的材料是：被鉴定人的身份证件（即身份证、户口本、护照等可以证明身份的相关证件）。并且要提供当地派出所或者律师法院的委托函，然后被鉴定人全部到场，在鉴定中心司法鉴定人的监督下采集样本。鉴定中心出具的司法鉴定报告书在全国范围内具有法律效力。