《中华人民共和国劳动法》第四十七条规定：“用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。”第四十八条规定：“国家实行最低工资保障制度。”

《最低工资规定》（劳动和社会保障部令第21号）第三条规定：“本规定所称最低工资标准，是指劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。”从上述条款可知，用人单位可以依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平，并与劳动者进行相应约定，但不得违反法律关于最低工资保障、加班费支付标准的规定。

包薪制是指在劳动合同中打包约定法定标准工作时间工资和加班费的一种工资分配方式，在部分加班安排较多且时间相对固定的行业中比较普遍。虽然用人单位有依法制定内部薪酬分配制度的自主权，但内部薪酬分配制度的制定和执行须符合相关法律的规定。

因此，如果按照即使按照当地最低工资标准认定劳动者的发低昂标准工作时间，并以此为基数核算加班费，仍然超出了约定工资的话，即使实行包薪制，用人单位仍然需要依法足额支付劳动者加班费。